Saat ini Universitas Malikussaleh telah memiliki beberapa Program Pendidikan yaitu :
Program SARJANA (S1) Terdiri dari
- Fakultas Teknik
- Jurusan Teknik Sipil
- Jurusan Teknik Industri
- Jurusan Teknik Kimia
- Jurusan Teknik Mesin
- Jurusan Teknik Elektro
- Program Studi Teknik Arsitektur
- Program Studi Teknik Informatika
- Program Studi Sistem Informasi
- Program Studi Teknik Logistik
- Program Studi Teknik Material
- Fakultas Pertanian
- Jurusan Agroekoteknologi
- Jurusan Agribisnis
- Jurusan Budidaya Perairan
- Jurusan Kelautan
- Fakultas Ekonomi
- DIII Kesekretariatan
- Jurusan Ekonomi Pembangunan
- Jurusan Manajemen
- Jurusan Akuntansi
- Jurusan Ekonomi Islam
- Jurusan Kewirausahaan
- Fakultas Ilmu Sosial dan Ilmu Politik
- Jurusan Administrasi Publik
- Jurusan Administrasi Bisnis
- Jurusan Ilmu Politik
- Jurusan Ilmu Komunikasi
- Jurusan Sosiologi
- Jurusan Antropologi
- Fakultas Hukum
- Jurusan Ilmu Hukum
- Fakultas Kedokteran
- Program Studi Pendidikan Dokter
- Program Studi Psikologi
- Pendidikan Profesi Dokter
- Program Diploma III Keperawatan
- Fakultas Keguruaan dan Ilmu Pendidikan
- Jurusan Pendidikan Teknik Mesin
- Jurusan Pendidikan Matematika
- Jurusan Pendidikan Kimia
- Jurusan Pendidikan Fisika
- Jurusan Sastra Indonesia
Program PASCA SARJANA (S2) Terdiri dari
- Magister Sains Manajemen (MSM)
- Magister Hukum (MH)
- Magister Administrasi Publik (MAP)
- Magister Sosiologi
- Magister Agroekoteknologi
- Magister Agribisnis
- Magister Teknologi Informasi
- Magister Teknik Sipil
- Magister Ekonomi Pembangunan
- Magister Ilmu Akuntansi
- Magister Teknik Energi Terbarukan